Bcl-2——細胞凋亡的明星分子，是細胞凋亡研究中最受重視的靶點之一，因其抗凋亡的功能素有細胞“守護神”的美譽。Bcl-2蛋白主要定位于線粒體，在內質網和連續的核周膜也有表達。Bcl-2在細胞中廣泛存在，在星形膠質細胞、施萬細胞和T細胞中表達較高。其主要功能是通過抑制Bax等促凋亡因子的活性來保護細胞免受凋亡的影響。
Bax——促凋亡蛋白，和Bcl-2蛋白同屬于Bcl-2家族，通過調節線粒體膜通透性來決定是否啟動凋亡過程。其作用主要通過增加線粒體膜的通透性，釋放細胞內的細胞色素C等凋亡相關因子到細胞質中，從而啟動凋亡程序。Bax和Bcl-2是相互對立的一對靶點，實驗中往往同時使用以判斷細胞是否發生了凋亡。
AIF——凋亡誘導因子，通常存在于線粒體內外膜之間，具有維持線粒體結構和穩定呼吸鏈的作用。在凋亡刺激下，AIF蛋白N端被剪切，AIF從線粒體釋放到胞質中，隨后又進入細胞核中。在細胞核中，AIF招募蛋白酶和核酸酶，進而降解染色質和DNA，導致細胞凋亡。
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